Історія будівництва станції розпочалась ще у 1988 році з підписання між СРСР та Іраном угоди про будівництво гідровузлів «Худаферін» та «Гиз-Галаси» на річці Аракс.

До розпаду СРСР у 1991 році роботи зі зведення ГЕС та і не були розпочаті, а вже незабаром у регіоні розпочались активні бойові дії між Азербайджаном та підконтрольних Вірменії збройних формувань з «Нагірно-Карабахської Республіки».

Будівництво мало відбуватися на рівноправних зобов’язаннях, а експлуатація станцій – рівнозначно обома країнами. Саме тому проєктно передбачено зведення гідроспоруди з симетричними будівлями ГЕС – з азербайджанської та іранської сторони.