Із завершенням військових дій присутність НАТО у колишній Югославії посилилась, що було обумовлено необхідністю: реалізовувати військові та правові аспекти Дейтонських, Вашингтонської, Військово-технічної, Охридської мирних угод; провести роззброєння всіх учасників воєн; контролювати внутрішню ситуацію у сфері безпеки у колишніх югославських республіках.

Всього на території цих держав було розгорнуто декілька місій НАТО, які діяли під егідою ООН: у Боснії і Герцеговині – Сили виконання мирної угоди або ІФОР (замінена на Стабілізаційні сили); у Косово – Сили для Косова (СДК); у Македонії – Оперативна група, яка керувала проведенням трьох поетапних операцій. 

У Боснії і Герцеговині одразу після укладання Дейтонської угоди (кінець 1995 р.) почала діяти операція ІФОР, яку через рік замінили на більш постійну місію – Сили стабілізації (діяли до 2004 р.). В альянсі вважали, що перехідний період в БіГ завершився, тому потрібно переходити до більш активної реалізації військових аспектів Дейтону. Цивільними аспектами мирної угоди і надалі займався офіс Верховного представника ООН-ЄС. 

Частина натівських миротворців приєдналася до реформованих підрозділів СООНО, які почали називатися Спеціальні міжнародні поліцейські сили (СМПС), створені за рішенням РадБезу 13 грудня 1995 р. (резолюція 1031, доповнена резолюцією 1035). Миротворці ООН у складі СМПС мали зосередитися на відновленні правової системи в БіГ, створенні нової поліції тощо. З 2003 р. СМПС згорнули, замість них до країни відправили Поліцейську місію ЄС. 

Місія НАТО в Косово залежала, окрім внутрішніх чинників, ще і від політичного діалогу між керівниками Сербії та Косово. Оскільки переговори з даного питання проходили за міжнародного посередництва, і постійно наштовхувалися на протидію белградського уряду, то місія альянсу в Косово ті досі триває. Розгортання СДК розпочалось 12 червня 1999 р., у відповідності до резолюції РБ ООН 1244 (1999) та Військово-технічної угоди про процедури та режим виводу з Косово Сил Безпеки СРЮ. У Косово заміна місії НАТО не відбулось через складність зовнішнього та внутрішнього розвитку. Проголошення краєм незалежності у лютому 2008 р. спонукало ЄС до створення тут власної постійно діючої місії. І вже 12 грудня 2008 р. у Косово була розгорнута Цивільна місія ЄС, у складі якої окремо виділені були поліцейські підрозділи.

У Македонії діяльність місій НАТО мала тимчасовий характер і була направлена на виконання умов Охридської рамкової угоди. Зокрема, військові контингенти під керівництвом Оперативної групи НАТО здійснювали контроль за внутрішньою ситуацією у цій державі, а саме за міжетнічними відносинами албанців та македонців. Як і у Косово, сили альянсу на прохання тодішнього президента країни Б. Трайковського, зберегли свою присутність у цій республіці після виконання основного мандату. Це було пов’язано із бажанням уряду Македонії інтегруватися до євроатлантичних структур. У зв’язку із цим, у Скоп’є у квітні 2003 р. відкрили Штаб-квартиру НАТО, яка активно співпрацювала із ЄС щодо підтримання миру у країні. У межах цього співробітництва 31 березня 2003 р. у Македонії створили військову місію ЄС під назвою “Конкордія”, яку в грудні того ж року замінили на поліцейську місію “Проксіма”. У 2005 р. ЄС визнав політичний розвиток Македонії досить стабільним, тому місію замінили на групу європейських поліцейських радників.

Важливим напрямом діяльності НАТО була реалізація таких аспектів мирних угод як проведення операцій із демілітаризації, розмінування територій республік, створення поліцейських органів. У межах процесу демілітаризації наголос робився на негайне роззброєння всіх воєнізованих формувань, виведення будь-якого виду озброєння з територій, які підлягали передачі тій чи іншій стороні, зосередження збройних сил держав у місцях для воєнної техніки.

Через значне розповсюдження незареєстрованної зброї серед населення, заходи із роззброєння проводилися регулярно. У Боснії і Герцеговині подібна операція під назвою “Врожай” (Operation Essential Harvest) була започаткована у 1998 р., у Македонії було проведено три такі операції – у 2001 р “Суттєвий врожай“, у 2001–2002 рр. – “Руда лисиця” та у 2002–2003 р. – “Союзницька гармонія“. У Косово вилучення незаконно придбаної та незареєстрованої зброї проводилось щомісяця, починаючи з червня 1999 р. СДК постійно організовували операції з моніторингу, що дозволяло військовослужбовцям виявляти нові склади зі зброєю та боєприпасами по всій території Косова. Внаслідок означених заходів кількість злочинів на етнічній та релігійній основі скоротилась, але повністю дана проблема вирішена не була. Це було пов’язано із відсутністю стабільної системи безпеки та атмосфери довіри, особливо у Боснії і Герцеговині та Косово.

Невід’ємною складовою демілітаризації було розмінування. За підрахунками експертів ООН територія Західних Балкан на початку 2010-х рр. була однією з найбільш замінованих у Європі. Знищення мін було не тільки важливим для налагодження життя місцевих мешканців, а й для повернення біженців та переселенців.

У Боснії і Герцеговині, Косово, Сербії, Хорватії дана проблема актуалізувалась після частих випадків загибелі мирних жителів під час збирання дров, намагання розібрати на опалення покинуті будівлі, отримати доступ до непрацюючих лікарень, шкіл чи громадських установ. Доставка вантажів із продовольством, ліками та предметами першої необхідності у зимові періоди через мінну проблему також уповільнювалась або взагалі припинялась. Тому Сили стабілізації і СМПС у Боснії і Герцеговині, Місія ООН по відновленню довіри та Тимчасова адміністрація ООН для Східної Славонії, Західного Срему та Бараньї, Місія спостерігачів ООН на Превлакському півострові, ЮНМАКК та ЮНМАС у Косово організували спеціальні програми щодо ліквідації мін у колишній Югославії.

Так, була організована робота саперних груп, яка координувалась ЮНМАКК. За активної співпраці із ЗЄС, НАТО та локальними установами проводилися заходи по виявленню та знешкодженню снарядів і мін. У Боснії і Герцеговині упродовж 1997–1998 рр. було знищено приблизно 6 тисяч мін. У той час як у Косово щорічно з 1999 р. по 2006 р. включно, знаходили і ліквідовували від 2 до 5 тисяч протипіхотних, протитанкових мін, бомб малого калібру та саморобних вибухових пристроїв.

Окремо були утворені спеціальні робочі групи для пошуку та ліквідації загроз у покинутих приміщеннях, житлових будинках, лікарнях тощо. Також проводилась робота з оповіщення та інформування населення, пропаганди безпеки у замінованих спорудах і районах, складання карт розташування мін та снарядів.

Окремим напрямом роботи миротворців НАТО була участь у відродженні правової системи, яка разом із іншими державними інституціями була фактично повністю знищена у Боснії і Герцеговині та Косово в часи військових конфліктів. Особливо це стосувалось організації національних збройних та поліцейських сил, як головних інструментів підтримки спокою, пошуку воєнних злочинців. правопорядку та безпеки у державах. У Боснії і Герцеговині правовий та поліцейський напрями мирного відновлення здійснювали СМПС. У Македонії ці функції з березня 2003 р. були покладені на Поліцейську місію ЄС, у Косово – на СДК. Керівництво даної місії НАТО сприяло організації у краї окремого структурного підрозділу – Корпусу захисту Косово, який і відповідав за внутрішню безпеку у краї. З метою усунення проявів міжетнічної агресії до Корпусу захисту Косова набиралися представники албанського населення та представники національних меншин, у тому числі і сербської.

Працівники СМПС, Поліцейської місії ЄС, СДК також відповідали за налагодження співпраці між цивільним населенням та поліцією. Втім, рівень довіри мирних жителів до правоохоронних органів залишався низьким у всіх колишніх югославських республіках. Тому підрозділи НАТО та представники поліції розміщувалися на кордонах етнічних анклавів у державах колишньої Югославії, що було викликано необхідністю не допустити спалахів етнічного насилля, релігійної нетерпимості та уникнути нових жертв серед мирного населення. Переміщення осіб із анклавів відбувалось тільки за обов’язкової присутності військовослужбовців НАТО.

Цивільна діяльність НАТО досить тісно була пов’язана із реалізацією інших аспектів мирних угод. По-перше, військовослужбовці НАТО забезпечували безпеку та спокій під час підготовки та проведення виборів. По-друге, охороняли політичних діячів, які перебували із візитами у регіон Західних Балканах. По-третє, самостійно проводили моніторинг у сфері прав людини. При цьому активно співпрацювали із правозахисними організаціями міжнародного та місцевого рівня. По-четверте, допомагали УВКБ та МКЧХ організовувати ознайомчі та довготривалі візити біженців та переміщених осіб до місць колишнього проживання і кладовищ. З цією метою, проводили охорону автобусів та поїздів, організовували переговори місцевої влади для усунення можливих проявів етнічної ненависті.

Співпраця НАТО з УВКБ була багатовекторною. Крім означених заходів, військовослужбовці альянсу залучалися до процесу повернення осіб, які втекли або були депортовані під час конфліктів. Наприклад, у Боснії і Герцеговині була створена Комісія у справах переміщених осіб та біженців, що врегульовувала проблеми, пов’язані з їх поверненням.

Мандат всіх місій НАТО у республіках колишньої Югославії передбачав обов’язкову та тісну співпрацю із Міжнародним трибуналом по колишній Югославії (Гаага), особливо щодо пошуку, арешту та видачі воєнних злочинців. У даному питанні миротворці альянсу наштовхувалися на протидію місцевих органів влади, які не бажали видавати обвинувачених до Гааги, надавати на запит прокурорів трибуналу дані про їх перебування, необхідні документи, які мали засвідчили провину тієї чи іншої особи. Особливо це стосувалось високопосадовців армії, політичних діячів та урядовців різних державних структур. За допомогою НАТО упродовж 1996–2011 рр. була заарештована та передана до трибуналу значна кількість воєнних злочинців. Хоча у даному питанні не існувало єдиної позиції серед країн-членів НАТО та ЄС, що призводило до негативних результатів перших пошукових операцій альянсу.

Підрозділи НАТО також забезпечували супровід робітників слідчих та прокурорських бригад МТКЮ і інших міжнародних організацій до місць затримання, масових поховань, можливих свідків злочинів. Саме присутність НАТО у Косово допомогла слідчим Гаазького трибуналу зібрати значний комплекс доказів злочинів, скоєних албанцями та сербами.

Необхідно підкреслити, що військово-повітряна кампанія НАТО проти СРЮ у 1999 р. стала одним із об’єктів дослідження МТКЮ. Ще 14 травня 1999 р. головний обвинувач Луїза Арбур вирішила розслідувати ці дії альянсу. Для пошуку доказів воєнних злочинів НАТО у колишній Югославії була створена спеціальна комісія. Її робота була продовжена наступним прокурором К. Дель Понте. Однозначних висновків комісія не виробила, тому справу проти високопосадовців НАТО у зв’язку із подіями у Косово не було порушено. Як зазначала К. Дель Понте у своїх мемуарах, вона робила ще декілька спроб розслідування можливих воєнних злочинів НАТО у Косово. Але через постійний тиск керівництва альянсу та держав-членів НАТО трибунал був змушений припиняти процес збирання доказів на місцях.