У 1992 р. фірма «Аеро Водоходи» розпочала розробку легкого бойового літака на базі навчально-бойової машини L-59 – одного з пізніх представників родини L-39. Спочатку розглядались два варіанти: з двигуном ДВ-2 (таким само, як і на L-59) і з потужнішим ТРДД західного виробництва. Обидва варіанти передбачали створення одномісної і двомісної модифікацій. У 1994 р. обрали американський двигун «Гарретт» F124-GA-100 максимальною тягою 2870 кгс. З міркувань економії коштів ПС Чехії спочатку вирішили обмежитись тільки одномісним варіантом, який отримав позначення L-159А або ж ALCA (Advanced Light Combat Aircraft – перспективний легкий бойовий літак).

Конструкція L-159А спирається на перевірені рішення, закладені в його попередниках – L-39 і L-59. Єдиною зміною в конструкції крила став монтаж третьої пари пілонів. Більшій переробці було піддано носову частину фюзеляжу, де встановили італійську РЛС «Грифо L». Кабіна пілота отримала бронювання – сталеву плиту під підлогою і композитно-керамічні панелі по боках.

На зовнішній підвісці літак може нести навантаження загальною масою до 2340 кг. До його складу входять КР класу «повітря-повітря» AIM-9Р/L/M «Сайдвіндер» і «повітря-поверхня» AGM-65B «Мейверик», КАБ GBU-12 и GBU-16, звичайні авіабомби, ПУ НАР. Вбудованого озброєння ALCA не має, але може нести контейнери «Пламен» PL-20 з французькими 20-мм гарматами GIAT NC621. Застосування КАБ з лазерною ГСН забезпечується підвісним прицільним контейнером TIALD, а для здійснення розвідки літак може нести контейнер «Вікон 18».

Демонстратор технології L-159 (двомісна машина з новим двигуном, але без повного комплекту БРЕО) вперше піднявся в повітря 2 серпня 1997 р. Рік по тому, 18 серпня 1998 р., почались випробування другого прототипу, який вже був повноцінним бойовим літаком L-159А. А 10 квітня 2000 р. ПС Чехії отримали перші дві серійні машини. Виготовлення усієї замовленої партії (72 екземпляри) завершилось в першій половині 2003 р. Однак така кількість виявилась надмірною для невеликої країни, і дві третини усіх L-159А майже одразу були законсервовані.

У 2002 р. почались випробування прототипу двомісного навчально-бойового літака L-159В. Згодом з’явились навчально-бойові варіанти L-159Т1 (без радара) і L-159Т2 (з РЛС). Загалом виготовили сім L-159Т1 (шість переобладнані з L-159А і один – нововиготовлений) і три L-159Т2 (усі переобладнані з L-159А починаючи з 2018 р.).

Чехія вела інтенсивний пошук можливих ринків збуту для надлишкових L-159. Спроби продати ці машини до Болівії та Польщі виявились невдалими (у першому випадку через ембарго США, у другому – через програш на тендері). У 2008-2010 рр. прототип L-159В був орендований ПС Угорщини, але згодом його повернули фірмі-виробнику. У 2009 р. була досягнута угода з концерном EADS про обмін трьох літаків L-159А і двох L-159Т1 на транспортні літаки С-295М. Однак згодом обидва L-159Т1 повернули як компенсацію за невиконання концерном EADS деяких умов контракту. Вони увійшли до складу ПС Чехії. Станом на початок 2023 р. у 212-й АЕ служило 14 літаків L-159А і два L-159Т1, а у 213-й – два L-159А, три L-159Т1 і три L-159Т2. Обидві частини дислоковані на авіабазі Часлав. Два L-159А були втрачені у катастрофах.

Три L-159А концерном EADS були продані в 2013 р. приватній американській компанії «Льюїс Файтер Фліт». Ще одна американська компанія – «Дракен Інтернешнл» – в 2015 р. придбала в Чехії  21 літак L-159Е (переобладнані з L-159A). В США ці приватні компанії займаються імітацією противника під час навчань, а також здійснюють підготовку пілотів винищувачів за урядовими контрактами.

У квітні 2015 р. 15 літаків замовив Ірак. В це число увійшли десять L-159А і два L-159Т1 в льотному стані, а також ще три L-159А як джерело запчастин. Відповідно до угоди, перші чотири L-159А були передані зі складу ПС Чехії (натомість компанія має відремонтувати і передати ПС чотири літаки з консервації). Це зумовило досить швидку реалізацію контракту – перші два літаки прибули в Ірак вже в листопаді 2015 р. Літаками цього типу укомплектували 115-ту АЕ. Станом на весну 2017 р. вона мала вісім штурмовиків L-159А, які з травня 2016 р. використовувались для операцій проти ісламістів. А в березні 2017 р. завод «Аеро Водоходи» випустив першого L-159Т1, призначеного для Іраку. Він став і першим новим літаком, виготовленим цим заводом, за 13 років. На початку 2023 р. в строю лишалось 10 літаків L-159А і один L-159Т1.

У 2018 р. «Аеро Водоходи» представила проєкт літака F/A-259 – модернізації L-159 з тим же двигуном і мінімальними змінами в планері, але з новим БРЕО ізраїльської фірми ІАІ (включаючи радар з АФАР і нашоломний приціл). Проєкт пропонувався на конкурс ПС США за програмою створення легкого штурмовика ОА-Х, однак був відкинутий. Творці F/A-259 не втрачають надії знайти покупців для свого виробу. В квітні 2023 р. з’явилась інформація про можливе спільне виробництво F/A-259 для ПС України. Однак слід врахувати, що досі не виготовлений навіть прототип цього літака, тобто реалізація проєкту потребуватиме кількох років.